コンテンツ
| バージョン （2016年6月29日現在） | 9 |
| プラットフォーム | |
| ライセンス | オープンソース |
| カテゴリー | 科学的な |
| 詳細情報（出版社のウェブサイトをご覧ください） |
| 評価： 2.8 / 5（6票） |
ソフトウェア概要
主な特徴
- GenBankやFASTAなどのさまざまなゲノムフォーマットをサポート
- ズームアニメーションとパンアニメーションでデータと対話する
- QuickLoadサイトからゲノムにアクセスして読み込む
- データをさまざまなグラフ形式に変換する
- Dropboxを介して共同編集者とデータを共有する
- 追加機能のためのプラグインをインストールする
Integrated Genome Browser（IGB）は、大規模なゲノムデータセットの表示と調査に使用されるオープンソースプログラムです。さまざまなデータ形式を表示したり、データと対話したり、グラフを作成したり、情報を画像として保存したり、データを共同編集者と共有したりできます。
IGBを使用すると、注釈および整列されたシーケンスからデータを表示することができます。このプログラムは、FASTA、BAM、BEDGRAPH、BigWIG、Cytoband、GenBankなどのさまざまな形式をサポートしています。データを取得して、データの違いを強調表示するための不一致グラフやカバレッジを表示するための深度グラフなど、さまざまなグラフ形式に変換できます。また、IGBのズームアニメーションやパンアニメーションを介してデータと対話することもできます。
IGBを使用すると、ディレクトリ、シーケンス、その他のデータファイルを視覚化するための単純なシステムであるQuickLoadサイトからゲノムにアクセスして読み込むことができます。 IGBは、スクリプトを使用して機能とワークフローの自動化を追加するためのプラグインサポートを備えた高度な機能を提供します。 IGBには、高品質のJPEG、PNG、またはSVG画像として公開する場合でも、共同作業者がプロジェクトにアクセスできるようにデータをDropboxに保存する場合でも、データを共有するための高度な機能があります。
IGBは主に大学の研究者、生物学者、およびバイオインフォマティシャンによって使用されます。さまざまなゲノムデータフォーマットを開き、データをさまざまなグラフとして視覚化し、共同研究者とデータを共有するための高度なツールを提供します。残念なことに、プログラムは継続的な開発のための助成金に依存しています。つまり、アプリケーションのサポートはいつでも中止される可能性があります。ただし、Integrated Genome Browserは、ゲノムデータの探索と分析を検討しているユーザーにとって、依然として機能的でカスタマイズ可能なプログラムです。
サポートされているファイルの種類
プライマリファイル拡張子
.XML - XMLファイルIntegrated Genome Browser 9によって使用されるその他のファイル拡張子
| サポートされているファイルの種類 | |
|---|---|
| 。ベッド | UCSC BEDアノテーショントラックファイル |
| .DAS | DeltaMaster解析セッション |
| .FA | FASTAフォーマット済みシーケンスファイル |
| .FAS | FASTAシーケンスファイル |
| .FASTA | FASTAシーケンスファイル |
| .GB | GenBankデータファイル |
| .SGR | SGRゲノムデータファイル |
| .USEQ | USeqゲノムデータファイル |
